El 12 de Junio de 1572 el Capitán Don Hernán Suárez de Villalobos, por orden del Presidente del Nuevo Reino Don Andrés Díaz Venero de Leyva, fundó en el valle de Saquencipá la ciudad en uno de los principales asentamientos muiscas, donde se ubicaba el principal observatorio astronómico. Pero, como los caciques elevaron su protesta por el atropello de que fueron objeto, hubo que trasladar la fundación doce años más tarde al sitio actual.
Fue escogida como sede del Primer Congreso de las Provincias Unidas de la Nueva Granada que se celebró el 4 de octubre de 1812, donde fue elegido Camilo Torres como Presidente de la República Federal.
El 17 de diciembre de 1954, en el Gobierno del General Gustavo Rojas Pinilla, fue declarada Monumento Nacional, quedando a la defensa y conservación de su patrimonio arqueológico, histórico y artístico.